ساخت dnazyme شبه پراکسیدازی و مطالعه ساختاری - ترمودینامیکی آن
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی
- نویسنده زهرا کرمی
- استاد راهنما بیژن رنجبر ارسطو بدوی دلفارد
- سال انتشار 1391
چکیده
آپتامرهای نوکلئیک اسیدی معمولا با استفاده از روش انتخاب برون تنی بدست می آیند. تعدادی از آن ها واجد توالی های غنی از گوانین هستند که در حضور یون های فلزی به شکل ساختارهای چهاررشته ای dna تاخوردگی پیدا می کنند که واجد نقش های عملکردی در بسیاری از فرآیندهای زیستی هستند. ساختار های پیچیده تشکیل شده از برخی ساختارهای چهاررشته ای و هِمین می توانند به عنوان دسته جدیدی از dnazymeها با فعالیت شبه - پراکسیدازی مورد استفاده قرار گیرند. تنها تعداد کمی از آپتامرهای واجد ساختارهای چهاررشته ای، توانایی اتصال به هِمین برای تشکیل کمپلکسی با فعالیت پراکسیدازی را دارند. با توجه به محدودیت های استفاده از آنزیم پروتئینی پراکسیداز در نقش های زیست حسگری و مزیت قابل توجهdnazyme ها نسبت به آنزیم های از جنسrna و پروتئین، در مطالعه پیش رو سعی بر توصیف خصوصیات ساختاری و پایداری الیگومر ps2.m به تنهایی و در شرایط مختلف مانند تاثیر کاتیون ها، اجزای بافر، زمان و دمای شکل گیری و مطالعه برهمکنش آن با هِمین در شرایط مشابه با استفاده از طیف سنجی های دورنگ نمایی دورانی و نور مرئی – فرابنفش می باشد. برای بررسی بیشتر رابطه بین ساختار و عملکرد dnazyme شبه-پراکسیدازی فعالیت پراکسیدازی و ساختار دوم الیگونوکلئوتید در حضور هِمین با استفاده از طیف سنجی های فرابنفش – مرئی و دورنگ نمایی دورانی مورد مطالعه قرار گرفت. آنالیز های ساختاری dnaهای چهاررشته ای بوسیله طیف سنجی دورنگ نمایی دورانی نشان داد که ساختار غالب و پایدار از نوع موازی در حضور غلظت های بالای پتاسیم شکل می گیرد و کاتیون های سدیم در تمام غلظت ها تنها موجب ایجاد ساختاری از نوع ناموازی می-شوند. همچنین dna چهاررشته ای در حضور هِمین آرایش موازی موازی خود را که منجر به فعالیت شبه – پراکسیدازی بالاتر می شود حفظ می کند. مطالعه طیف سنجی فلورسانس نشان داد که dna چهاررشته-ای فلورسانس ذاتی و خارجی بیشتری در مقایسه با dna تک رشته دارد. همچنین نشان گر سایبرگُلد به عنوان یک پروب فلورسانت برای تمایز بین دو ساختار dna چهاررشته از dna تک رشته با همان توالی معرفی شد. علاوه بر این، روش کالریمتری به منظور تعین پارامترهای ترمودینامیکی واسرشتگی ساختار چهاررشته ای با استفاده از تکنیک نانوکالریمتری روبشی تفاضلی برای بررسی اثر هِمین، محلول-های یونی و غلظت های مختلف کوادراپلکس ها مورد استفاده قرار گرفت. ثابت شده است که نانوکالریمتری روبشی تفاضلی با ارائه داده های ترمودینامیکی مستقیم در زمینه انتقالات انرژی و پایداری دمایی در حوزه ماکرومولکول های زیستی بسیار کاربردی می باشد.
منابع مشابه
ساخت آلیاژ حافظه‌پذیر فرومغناطیسNi50Mn34In16 به روش آلیاژسازی مکانیکی و مطالعه اثر بازپخت بر ویژگی‌های ساختاری و مغناطیسی آن
In this research, Ni50Mn34In16 ferromagnetic shape memory alloy has been prepared by mechanical alloying method. XRD patterns of the samples showed that after 10 hours of ball milling, the alloy structure was completely formed and continuing of the milling process led to more fine particle size. Also the role of annealing on improvement of the alloy properties was studied. It was found that the...
متن کاملpH-programmable DNAzyme nanostructures.
Two engineered DNA nanostructures consisting of a nucleic acid functional hairpin and a DNA "tweezers" assembly act as pH-switchable devices for the "ON-OFF" activation/deactivation of the horseradish-peroxidase-mimicking DNAzyme.
متن کاملA novel replicating circular DNAzyme.
10-23 DNAzyme has the potential to suppress gene expressions through sequence-specific mRNA cleavage. However, the dependence on exogenous delivery limits its applications. The objective of this work is to establish a replicating DNAzyme in bacteria using a single-stranded DNA vector. By cloning the 10-23 DNAzyme into the M13mp18 vector, we constructed two circular DNAzymes, C-Dz7 and C-Dz482, ...
متن کاملساخت نانوکامپوزیت هیدروکسی آپاتیت مغناطیسی و بررسی ویژگی‌های ساختاری و مغناطیسی آن
: Hydroxyapatite (Ca10(PO4)6(OH)2) with the hexagonal crystal structure is the only identifiable mineral phase of bone. In this work, magnesium ferrite-hydroxyapatite nanocomposites were synthesized for the purpose of medical applications. The first step of this work is the synthesis of mesoporous hydroxyapatite nanorods via co-precipitation method in combination with micelles template. Non-ion...
متن کاملساخت سرامیک شفاف Nd: Y2O3 با بررسی خواص ساختاری و نوری آن
در این کار ابتدا نانو پودر Y2O3آلائیده به یون Nd2O3 به میزان 1، 1.5 و 2 درصد مولی توسط بال میل به مدت 20 ساعت تهیه شد، اندازه ذرات به طور معنی داری به 92.3 نانومتر کاهش یافت. نمونه دیسکی سرامیک شفاف ایتریا خالص آلائیده به نئودمیوم که به عنوان محیط فعال لیزری در لیزرهای قدرت کاربرد دارد با استفاده از تف جوشی جرقه پلاسمایی با نرخ گرمایش 100 درجه سانتیگراد بر دقیقه در دمای 1400 درجه سانتیگراد ب...
متن کاملساخت لایه‌های نازک 3SrTiO به روش اسپری پایرولیز و مطالعه خواص ساختاری و اپتیکی آنها
Strontium titanate polycrystalline thin films were prepared by sequent deposition of three TiO2/SrO/TiO2 layers using spray pyrolysis technique. Deposition parameters such as: precursor solution, deposition temperature, flow rate of solution and annealing conditions were optimized to obtain homogeneous transparent films. Prepared thin films have granular microstructure. The optical transmittan...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023